La escuela diferenciada organiza su actividad separando a los niños y las niñas considerando que esa práctica educativa favorece las oportunidades de cada sexo, al desactivarse en gran medida en el aula las presiones de género y potenciar con ello la igualdad, así como la expresión libre y plural de chicas y de chicos, evitando que los estereotipos y prejuicios de género frenen sus intereses naturales y espontáneos.
La educación diferenciada no trata de volver a la vieja escuela separada de épocas anteriores, en la que había un diferente plan de estudios para cada sexo y se les preparaba para diferentes papeles en la sociedad. La escuela diferenciada del siglo XXI responde a la participación activa de varón y mujer en total igualdad en todos los ámbitos de la sociedad y busca facilitar el aprovechamiento de las diferentes formas de aprendizaje de chicos y de chicas durante algunas etapas de su desarrollo en la infancia o la adolescencia.
Chicos y chicas presentan diferencias en su ritmo de desarrollo, en su forma de aprender, en el procesamiento de las emociones y en sus motivaciones e intereses. Algunas de esas diferencias son de orden natural, otras proceden del entorno cultural y otras obedecen a estereotipos muy arraigados. En todo caso, la educación diferenciada tiene en cuenta esas diferencias a la hora de definir y concretar las estrategias de enseñanza y aprendizaje más idóneas para alumnas y alumnos, en particular en todo lo que se refiere al impulso de la educación en la igualdad.
Se trata de una apuesta pedagógica que en las últimas décadas han asumido con éxito instituciones educativas muy diversas en todo el mundo, con excelentes resultados académicos y de socialización. Su presencia, aunque habitualmente minoritaria, añade pluralidad al panorama educativo, pues donde coexistan educación mixta y diferenciada siempre se podrán atender mejor las diferentes demandas de cada alumno y cada familia.