Stepinac asumió la sede del Arzobispado de Zagreb el 7 de diciembre de 1937, en condiciones sumamente difíciles respecto de la religión, la sociedad, la política y la economía, tanto en Croacia como en todo el mundo. En la vorágine de los hechos bélicos, Stepinac, arriesgando su vida tanto ante los nazis como ante los comunistas, continuó luchando por el valor indudable de su nación croata, y al mismo tiempo se transformó en un luchador intrépido de los derechos fundamentales de cada hombre y cada nación, defensor de la verdad y de la moral, protector de todas las personas amenazadas, sin tener en cuenta su pertenencia nacional y religiosa.
Cuando llegó el nuevo gobierno, Stepinac continuó trabajando en forma impávida, según lo dictaba su conciencia. Los comunistas sabían que no podían acusarlo de nada, por lo que lo dejaron trabajar en las nuevas condiciones. Sin embargo, se decepcionaron cuando vieron que no podían ponerlo de su parte ni convencerle de separar a la Iglesia Católica en Croacia de la Santa Sede, aun después de quince meses de nuevo gobierno.
El 12 de junio de 1946 Stepinac fue detenido. Acusado de colaboracionismo con el régimen ustacha, se le preparó una farsa de juicio. El tribunal popular admitió 58 testigos en contra del acusado y sólo siete a su favor, pese a que la defensa había propuesto 35. Uno de los siete era un serbio ortodoxo, Milutin Radetic, director de la clínica universitaria de Zagreb, a quien, en la guerra, los ustacha habían apresado y condenado a muerte por haber prestado asistencia médica a partisanos. Se salvó de la ejecución por la intervención personal de Stepinac. Su testimonio no fue tenido en cuenta por los jueces, que lo expulsaron de la sala llamándolo “clero fascista”. Parecida suerte corrieron los otros testigos favorables. Poco después, Radetic perdió su puesto en la clínica.
El 11 de octubre Stepinac fue condenado a 16 años de trabajos forzados y cinco de privación de los derechos cívicos. Fue enviado a un campo de prisioneros en Lepoglava. Los carceleros no se atrevieron a imponer al arzobispo los trabajos que mandaba la sentencia: sabían que era un símbolo de la nación croata y cualquier violencia contra él podría provocar una revuelta por parte de los demás presos. Por ello, le mantuvieron encerrado en una celda pequeña, sin apenas ventilación.
En 1951, el arzobispo estaba muy enfermo. La presión internacional logró por fin que fuera dejado bajo arresto domiciliario. Estrechamente vigilado, permaneció recluido en la parroquia de Krasic hasta su muerte.
Aislado, Stepinac consiguió sin embargo hacer llegar su voz a numerosas personas a través de una abundante correspondencia. Durante los ocho años que pasó en Krasic, escribió más de cinco mil cartas. En algunas empleaba un tono especialmente enérgico, cuando tenía que exhortar a sus sacerdotes a resistir las presiones de los mandos políticos para que se sumaran a las asociaciones de clérigos controladas por el régimen. Veía el daño que tales manejos causarían a la catolicidad y unidad de la Iglesia, que para él era lo más sagrado.
Aunque rogaba a los destinatarios que destruyesen sus cartas, algunos las conservaron. Quizá lo más llamativo en la correspondencia de Stepinac está en sus referencias a los guardianes: rezaba por ellos constantemente. El proceso de beatificación ha confirmado que en los escritos del cardenal no se ha encontrado una palabra de resentimiento contra sus perseguidores.
En 1952, Pío XII anunció su decisión de hacer cardenal a Stepinac. El régimen yugoslavo reaccionó rompiendo las relaciones diplomáticas con la Santa Sede. Sin embargo, el Papa hizo efectivo el nombramiento al año siguiente.
El 5 de diciembre de 1959, Stepinac envió una carta al gobierno yugoslavo en la que hacía constar los malos tratos de que había sido objeto. En ella escribió: “Los guardias pueden continuar vigilándome, según vuestras instrucciones, para hacerme la vida imposible. Yo, con la gracia de Dios, seguiré adelante hasta el final, sin odiar a nadie, pero sin miedo de nadie”. Murió dos meses después, el 10-II-1960. Para evitar que se encontraran pruebas que apoyaran los rumores de envenenamiento, se destruyeron las vísceras del cadáver. En 1996, los restos fueron exhumados y analizados por especialistas de la Congregación para las Causas de los Santos, que hallaron restos de veneno en sus huesos. Este descubrimiento fue el motivo de que la Congregación declarara mártir a Stepinac el 11-XI-1997.
El 14 de febrero de 1992, el Parlamento de la nueva Croacia independiente decidió por unanimidad rehabilitar la memoria del Card. Stepinac, junto con los demás condenados en los procesos políticos de aquella época, incluidos comunistas que fueron víctimas de las purgas. Sobre Stepinac, el Parlamento afirmó que el cardenal “fue condenado, pese a ser inocente, porque había rehusado realizar el cisma eclesial que le ordenaban los gobernantes comunistas”, y “porque actuó contra la violencia y los crímenes de los gobernantes comunistas, como había hecho durante la II Guerra Mundial para proteger a los perseguidos, con independencia del origen étnico y de las convicciones religiosas”.
El Cardenal Alojzije Stepinac fue beatificado el 3 de octubre de 1999 por Juan Pablo II, a sólo 38 años de su muerte. Fue un luchador incansable por la paz durante la Segunda Guerra Mundial, además de un valiente defensor de la dignidad del hombre y protector de la Iglesia en Croacia durante el régimen comunista. Juan Pablo II se ha referido a Stepinac llamándolo “baluarte de la Iglesia croata”, que “resistió el yugo del comunismo en nombre de los derechos humanos y de la dignidad cristiana”.