A mediados de los años 90 el Cardenal Bernardín se vio acusado ante los Tribunales de Chicago por abuso sexual por un seminarista llamado Steven Cook.
Como él narra en su libro “El don de la paz” (The Gift of Peace) decidió enfrentarse a esta terrible acusación con la fe en la verdad, puesto que, de lo profundo de su corazón salían las palabras del Señor “La verdad os hará libres” (Jn. 8,32). Su primera reacción fue escribir una carta a su acusador en la que con su instinto de pastor, le pedía reunirse con él, pues estaba convencido de que tenía problemas, para rezar. Tras cien días de proceso judicial, que habían sido precedidos de una terrible campaña, protagonizada por la cadena “liberal” CNN, el Tribunal acordó, ante lo infundado de la acusación, archivar el caso.
El Cardenal decide no abrir uno nuevo contra el falso acusador porque “no quería disuadir a personas que verdaderamente habían sufrido un abuso sexual que continuasen con sus reclamaciones”.
Conocedor de la triste situación de su acusador, Steven Cook, enfermo de Sida, el Cardenal le encomienda en sus oraciones y busca la oportunidad de encontrase con él. A través de la madre Cook, recibe el mensaje de que éste lo desea. La entrevista tiene lugar el 30 de diciembre de 1994 en el Seminario “San Carlos Borromeo” de Filadelfia y Steven pide perdón al Cardenal y la conciliación desemboca en la celebración de una misa en la que Steven recibe de manos del Cardenal la unción de los enfermos. La reconciliación es perfecta, la realidad de la Iglesia como familia espiritual cobra todo su sentido. Steven Cook mantiene relación epistolar con el Cardenal y muere en casa de su madre el 22 de septiembre de 1995, totalmente reconciliado con la Iglesia Católica, diciendo que este era el regalo para ella.
La grandeza de esta conducta del Cardenal contrasta con la zafiedad con la que se presentó a la Iglesia Católica en este supuesto caso escandaloso. Después de aclararda la verdad, lamentablemente la heroica actitud del Cardenal no tuvo casi ninguna repercusión en los medios de comunicación. Las declaraciones del sacerdote que le acusó falsamente tuvieron una enorme cobertura mediática en todo el mundo, pero su retractación apenas fue difundida. El Cardenal Bernardín sufrió mucho con todo este proceso. A los pocos meses se le descubrió un cáncer de páncreas del que fue operado. Tiempo después el cáncer vuelve a manifestarse en el hígado. Tomó la decisión de rechazar la quimioterapia y vivir en plenitud los días que le quedasen hasta regresar a la morada del Padre. Finalmente, el Presidente de los Estados Unidos Bill Clinton, le concedió la más alta distinción del pueblo norteamericano, “La medalla de la Libertad”, por su espíritu conciliador, entrega al prójimo y atención a los enfermos y menesterosos.